เป็นวัดราษฎร์ สร้างขึ้นในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอต้น ประมาณ ปี พ.ศ. ๒๓๙๐ เนื่องจากวัดตั้งอยู่ริม คลองบางประทุน มาแต่เดิม ชาวบ้านจึงเรียกวัดนี้ว่า วัดบางประทุนใน สมัยที่ หลวงพ่อบุญ ปกครองวัดนี้ ได้สร้าง ศาลาการเปรียญ ชึ่งมีภาพจิตรกรรมฝาผนัง แกะสลักอย่างสวยงาม เป็นชาดกเรื่อง พระวิสัชชนู โดยกรมศิลปากรได้ขึ้นทะเบียน เป็นโบราณวัตถุ ในสมัยรัชกาลที่ ๔ หลวงพ่อบุญ ได้ย้ายไปอยู่ที่เมืองสงขลา และต่อมา วัดบางประทุนใน ได้เปลี่ยนชื่อเป็น วัดแก้วไพฑูรย์ มาจนถึงปัจจุบัน